A primeira reunião anual da SPEDM ocorreu a 17/3/1979 em Coimbra e o primeiro Congresso Português de Endocrinologia em 1980.
Passou já por várias cidades como: Braga, Coimbra, Espinho, Funchal, Lisboa, Porto, Tróia, Vilamoura e até Amsterdão (em simultâneo com o Congresso Europeu em 1994).
Para além do intuito de dinamizar a atividade científica da Endocrinologia nacional e de proporcionar encontro entre os seus sócios, a SPEDM pugna para que o Congresso seja um momento de estreitamento de relações com colegas e Sociedades estrangeiras.
O Congresso e a sua estrutura têm vindo a modificar-se e a integrar novas componentes, como os cursos pré-congresso (desde 2010) e o fórum do Interno (desde 2013). Mantém-se também a tradicional cerimónia de atribuição de prémios no último dia do Congresso que pretende reconhecer o mérito e incentivar a excelência.
O número de participantes e de trabalhos apresentados têm vindo a aumentar ao longo dos anos, permitindo que o Congresso da SPEDM se mantenha não só como ponto de encontro anual de Endocrinologistas de todo o país, mas também como uma efeméride científica de referência da Endocrinologia nacional.